肺脓肿其实就是肺部特殊形式的一种感染。可能因为病原体在机体免疫力低下的时候，通过呼吸道进入引起感染。还可能因为败血症、脓毒血症等引起的血性播散感染。主要的病原体包括细菌、革兰氏阴性菌、革兰氏阳性菌，其中以革兰氏阳性菌多见，就是金黄色葡萄球菌。另外就是一些特殊的病原体，包括真菌、诺卡氏菌、非典型分枝杆菌，以及像克雷伯菌。静脉导管相关的感染，也会引起脓毒血症造成肺内肺脓肿。

肺脓肿是肺组织由于某些病原菌感染后，出现化脓性炎症所致，临床上多见于金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌杆菌等细菌感染引起，可由三种途径感染人体。

1、吸入性感染：为急性肺脓肿的最主要原因，主要是由于牙龈、口腔、鼻咽喉部位感染，或是由于昏迷、醉酒、癫痫发作、全身麻醉，以及吞咽困难等情况下，细菌经气管被吸入肺内所致。

2、血源性感染：由于皮肤创伤感染、疖痈、骨髓炎、腹腔感染、感染性心内膜炎等身体其他部位感染时，引起菌血症，病原菌随血液循环感染肺部所致。

3、继发性的肺脓肿：多继发于空洞型结核、支气管扩张、支气管囊肿等其他肺部疾病。

肺脓肿最常见的感染途径为误吸，例如醉酒、麻醉昏迷的患者出现了口腔分泌物的误吸，或者是患者有牙龈、牙周脓肿，牙龈炎等相关疾病而引起的窒息。

常见的致病菌为厌氧菌感染，同时也可经血液播散而出现肺脓肿，例如褥疮或者是体表的外伤而出现肺脓肿。其次，相近器官种植引起的肺脓肿，例如有慢性肺部疾病者可在下呼吸道有化脓性、病原菌定植，如支气管扩张症囊性纤维化而并发肺脓肿。在原有的基础上合并感染，例如肺结核空洞或者是肺肿瘤的空洞而引起的肺脓肿。