肺脓肿根据相关的病原进行归类，如葡萄球菌、厌氧菌和曲霉菌的肺脓肿，自抗生素广泛使用以来肺脓肿的发生率已经减低。但是还是时常会造成肺脓肿特别是血源性肺脓肿，牙齿的细菌可以入血，扎针灸消毒不干净，可以通过刺入皮肤以后刺入血管也可以入血就会造成血源性肺脓肿。肺脓肿是由于多种病因引起的肺组织的一种化脓性改变，早期是化脓性的炎症进而晚期会形成一种坏死性的脓肿。肺脓肿多发于青壮年，男性可多于女性。根据病原可以由血行感染，也可以由支气管直接播散感染。

血源性肺脓肿最常见的致病菌一般是革兰氏阳性的葡萄球菌，特别比较严重的叫金黄色葡萄球菌，这种致病菌会造成肺多发小脓肿治疗非常困难。小部分的血源性肺脓肿是由于革兰氏阴性杆菌造成。一旦考虑肺脓肿特别是血源性肺脓肿就应明确病原菌，才能做到有针对性的用药。如何明确病原菌就需要通过积极的抽取血培养发现致病菌，特别是在使用抗生素之前抽取血培更为重要，因为血培养的阳性率相对比较高。

肺脓肿通常由口咽部的正常菌群被吸入到肺部，发生感染所致。通常，牙周疾病是导致肺脓肿的细菌的来源。机体有多种防御机制（如咳嗽）预防细菌进入肺部。感染主要发生于患者意识丧失或因为服用镇静药物、麻醉、酗酒、吸食毒品或有神经系统疾患而非常困倦不清楚时，因此无法咳嗽以清除吸入的细菌。免疫系统功能差的患者，肺脓肿可由非口咽典型细菌引起，如真菌或分枝杆菌（引起结核的病原菌）。可能导致肺脓肿的其他细菌为链球菌和葡萄球菌，包括可致严重感染的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）。

气道阻塞也可引起肺脓肿。如气管分支（支气管）被肿瘤或外源性异物阻塞，因阻塞物（黏液）以下的部位聚集分泌物，而形成脓肿。细菌有时会进入这些分泌物。阻塞物阻止充满细菌分泌物通过气道被咳出。